Nella pianificazione e programmazione territoriale si deve tenere conto della valenza naturalistico-ambientale dei siti di importanza comunitaria (SIC) e delle zone speciali di conservazione (ZSC) e di Protezione Speciale (ZPS). Si tratta di un principio di carattere generale tendente ad evitare che vengano approvati strumenti di gestione territoriale in conflitto con le esigenze di conservazione degli habitat e delle specie di interesse comunitario.
Sono altresì da sottoporre a valutazione di incidenza, tutti gli interventi non direttamente connessi e necessari al mantenimento in uno stato di conservazione soddisfacente delle specie e degli habitat presenti nella rete Natura 2000 (o in siti proposti per diventarlo), ma che possono avere incidenze significative sul sito stesso, singolarmente o congiuntamente ad altri interventi.
